Kurz kvantitativní ekologie v R
ENGLISH VERSION BELOW
Ráda bych vás pozvala na dobrovolný kurz programovacího jazyka R, zaměřený na vybrané ekologická témata. Kurz je určen pro všechny studenty a akademiky, kteří se zajímají o prostorová data a kvantitativní ekologii a tato témata kurzu by využili ve svém výzkumu. Spolu s Damiánem Villaseñorem-Amadorem (doktorandem na Katedře zoologie) jsme připravili dvoudenní kurz, který bude pokrývat následující témata: (1) použití R jako GIS, (2) druhová společenstva, (3) alfa a beta diverzita a (4) SDM modely.
Kurz bude v anglickém jazyce a uskuteční se ve čtvrtek a v pátek 6.-7. února 2025 v prostorách Katedry zoologie (17. listopadu 50). Program bude probíhat od 8 do 17 hodin, s hodinovou přestávkou na oběd.
Základní znalost jazyka R je pro účast na kurzu nutná. Pokud byste se chtěli s R nejdříve seznámit, můžete se zúčastnit mého úvodního kurzu o základech R na konci ledna (více níže).
Napište mi, prosím, na email lenka.harmackova@upol.cz, pokud máte zájem a plánovali byste se kurzu zúčastnit. Také prosím o sdílení informací s lidmi, o kterých si myslíte, že by o kurz měli zájem, děkuji.
S pozdravem
Lenka Harmáčková
Kvantitativní ekologie v R
6. – 7. 2. 2025
8:00 – 17:00
Katedra zoologie, 17. listopadu 50, učebna S2
Jazyk: angličtina
Vyučující: Lenka Harmáčková (1. den), Damián Villaseñor-Amador (2. den)
1. den: Používání R jako GIS, druhová společenstva.
- Úvod k prostorovým datům a analýzám.
- Typy prostorových dat (body, polygony, rastry).
- Práce s prostorovými daty (projekce, ořez, subset).
- Druhová společenstva v prostorových sítích – presence/absence matrix, druhová bohatost, počítání hodnot znaků a podmínek prostředí pro celá společenstva.
- Statistické analýzy (prostorová autokorelace, GLS).
- Vytváření map.
2. den: Terénní data, alfa a beta diverzita, SDM modely.
- Typy ekologických dat.
- Druhová bohatost, abundance (indexy Shannon-Wiener & Simpson).
- Alfa diverzita (akumulační druhové křivky, rarefaction, diversity profile plot).
- Beta diverzita (dissimilarity, species turnover, nestedness).
- SDM modely (data, modely, budoucí projekce rozšíření druhů).
Analýza dat v R
Úvodní kurz k práci s jazykem R pro studenty zapsané v předmětech ZOO/KPAND a ZOO/JAR. Zúčastnit se může kdokoliv, kdo by se chtěl naučit pracovat s R, ale předměty zapsané nemá.
Jazyk: čeština
27. – 28. 1. 2025
8:00 – 18:00
Katedra zoologie, 17. listopadu 50, učebna S2
Vyučující: Lenka Harmáčková
1. den:
- Úvod k jazyku R, R studio, knihovny, workspace.
- Typy dat (objekty, vektory, matice, data frames, listy), načítání externích dat.
- Práce s daty (organizace tabulek, subsety, chybějící hodnoty apod.).
2. den:
- Základní statistické analýzy (průměr, medián, t-test, lineární modely).
- Tvorba grafů (ggplot).
- Pokud zbyde čas, je možné se domluvit na dalších tématech, která se studentům můžou hodit ke zpracovávání vlastních dat (např. práce s fylogenetickými stromy, smyčky, tvorba vlastních funkcí apod.).
——————————————————————————————–
I would like to invite you to the voluntary course on the R programming language, focusing on selected ecological topics. This course is intended for all students and academics interested in spatial data and quantitative ecology, and who would find course’s topics helpful for their research. Together with Damián Villaseñor-Amador (PhD student at the Department of Zoology), we have prepared a two-day covering the following topics: (1) using R as a GIS, (2) species assemblages, (3) alpha and beta diversity, and (4) SDM models.
The course will be conducted in English and will take place at the Department of Zoology (17. listopadu 50) on Thursday and Friday, February 6.-7. 2025. The schedule will run from 8 am to 5 pm, with an hour-long lunch break.
Basic knowledge of R is required. If you would like to familiarize yourself with R beforehand, you can attend my introductory course at the end of January (details below).
Please let me know (email: lenka.harmackova@upol.cz) if you are interested and plan to attend. I would also appreciate it if you could share this information with anyone you think might be interested. Thank you!
Best wishes,
Lenka Harmáčková
Quantitative ecology in R
6. – 7. 2. 2025
8:00 – 17:00
Department of zoology, 17. listopadu 50, room S2
Language: English
Lecturers: Lenka Harmáčková (day 1), Damián Villaseñor-Amador (day 2)
Day 1: Using R as a GIS, species assemblages.
- Introduction to spatial data and analyses.
- Types of spatial data (points, polygons, rasters).
- Data handling (projections, crop, subset).
- Species assemblages in spatial grids – presence/absence matrix, species richness, assemblage level trait and environmental values.
- Statistical analyses (spatial autocorrelation, GLS).
- Maps plotting.
Day 2: Field data, alpha and beta diversity, SDM models.
- Ecology field data formats.
- Species richness, abundance (Shannon-Wiener & Simpson indices).
- Alpha diversity (species accumulation curves, rarefaction, diversity profile plot).
- Beta diversity (dissimilarity, species turnover, nestedness).
- SDMs (data, models, future projections of species distributions).
Data analysis in R
An introductory course on R for students in the ZOO/KPAND and ZOO/JAR classes. There is still space available for extracurricular students, so anyone interested in learning the basics of R is welcome.
Language: Czech
27. – 28. 1. 2025
8:00 – 18:00
Department of zoology, 17. listopadu 50, room S2
Lecturer: Lenka Harmáčková
Day 1:
- Introduction to R language, R studio, libraries, workspace.
- Data types (objects, vectors, matrices, data frames, lists), reading data from files.
- Data handling (re-organizing tables, subsetting, missing values etc.).
Day 2:
- Basic statistical analyses (mean, median, t-test, linear models).
- Creating figures (ggplot).
- If time permits, students may request topics relevant to their thesis (e.g., handling phylogenetic trees, loops, creating functions, etc.).
